Từ năm 2010 đến nay Trường Đại học Dược Hà Nội là cơ quan chủ trì thực hiện 12 nhiệm vụ Khoa học Công nghệ thuộc các Sở Khoa học Công nghệ (11 nhiệm vụ Sở Khoa học Công nghệ Hà Nội; 01 nhiệm vụ Sở Khoa học Công nghệ tỉnh Quảng Ninh).
Hàng năm Trường Đại học Dược Hà Nội tổ chức 02 đợt thẩm định đề cương đề tài Khoa học công nghệ cấp Trường, trong 10 năm gần đây Trường phê duyệt khoảng 300 đề tài.
Trong năm 2014 Trường Đại học Dược Hà Nội thực hiện 01 đề tài Khoa học Công nghệ Hợp tác Quốc tế thuộc chuyên ngành Công nghiệp dược & Bào chế thuốc.